Los Baganda creían en un mundo espiritual más allá del que podían ver, y esta creencia se destacó en sus vidas, tanto a nivel personal como en asuntos de estado. Los ocupantes del mundo espiritual pueden considerarse en tres niveles.

En la parte superior está un creador supremo, Katonda. El nombre, que significa creador de todas las cosas y Señor de La creación indica que fue reconocido como superior a todos, y fue referido como «el padre de los dioses». Había tres santuarios principales dedicados a Katonda en Namakwa, Buzu y Bukule, todos en Kyaggwe. Sus sacerdotes provenían del Njovu Clan (Elefante) Sin embargo, se sabía poco de este dios supremo y no se esperaba que interviniera rutinariamente en los asuntos humanos.

En el segundo nivel está Lubaale, de los cuales hay más de dos docenas. Las lubaales fueron de gran importancia para la nación y la vida cotidiana de la gente. Fueron humanos que, después de haber mostrado poderes excepcionales cuando estaban vivos, fueron venerados después su muerte y cuyos espíritus debían interceder favorablemente en los asuntos nacionales. Se les podría llamar Guardianes. Los Guardianes fueron el foco de la actividad religiosa organizada de la nación, siendo reconocidos y venerados por todos. Antes de todos los eventos nacionales importantes, como las coronaciones y las guerras, se consultaba a los oráculos de los templos principales y se hacían ofrendas. Para un Rey ignorar los pronunciamientos del oráculo o profanar un templo era una invitación segura al desastre. Cada santuario (ekiggwa) estaba encabezado por un sacerdote o sacerdotisa, el Mandwa, quien, cuando el Espíritu Guardián estaba sobre él, también funcionaba como el oráculo. En general, la administración de Mandwa para un templo particular se asignaba a un clan, que abastecería a los sacerdotes y sacerdotisas. Cada Guardián tenía al menos un templo, en el que se guardaba un conjunto de tambores sagrados y otros objetos ceremoniales. La construcción y el mantenimiento de los templos se regían por rituales muy elaborados y exigentes.

El Guardián más popular fue Mukasa, Guardián del Lago. Tenía templos en su honor en todo el país, pero el templo principal estaba en la isla Bubembe en el lago Victoria. A este templo, el Rey enviaría una ofrenda anual de vacas y una solicitud de prosperidad y buenas cosechas. Al lado de su templo había uno para su esposa, Nalwanga, a quien las mujeres rezarían por la fertilidad. El otro Guardián de renombre nacional fue Kibuuka de Mbaale. Su leyenda cuenta que era un general de tan gran destreza que se decía de él que podía volar como un pájaro sobre el campo de batalla. Muerto en acción en tiempos de Kabaka Nakibinge, sus restos fueron consagrados en Mbaale (ahora conocido como Mpigi) y se convirtió en el Guardián de la Guerra.  La escuela primaria en Mpigi se llama Kibuuka en su honor, y fue construida en el sitio de su santuario. En la siguiente tabla se incluye una lista de los Guardianes más conocidos.

Guardian	Especialidad	Santuario	Observaciones
Wanga	.	Desconocido	Sol fijo y luna en el cielo
Muwanga	El más poderoso	Kiwanga, Kyaggwe	Hijo de Wanga
Musisi	Temblores	Bukasa Island, Ssese
Wannema	Discapacidades físicas	Bukasa Island, Ssese	Hijo de Musisi
Wamala	.	Busundo, Ssingo	Hijo de Musisi
Mukasa	Buena salud, fertilidad,riqueza	Bubembe Island, Ssese	Hijo de Wannema
Kibuuka	Guerra	Mbaale (Mpigi), Mawokota	Hijo de Wannema
Nende	Guerra	Bukeerere, Kyaggwe	Hijo de Mukasa
Mirimu		Ndejje, Bulemeezi	Hijo de Mukasa
Musoke		.	Hijo de Mukasa
Kitinda	Salud, Larga vida	Kkoome Island	Hjo de Musisi
Ggulu		Ninguno	Sin sacerdotes
Walumbe	Enfermedas, muerte	Ttanda, Ssingo	Hijo de Ggulu
Kiwanuka	Fertilidad , trueno	Mmengo, Kyaddondo	Hijo de Ggulu
Nakayaga	Fertilidad	.	Kiwanuka’s Wife
Namirembe	.	.	La esposa de Kiwanuka
Nagaddya	Matrimonio, cosecha	Nkumba, Busiro	Madre de Kibuuka
Nalwoga		Nsazi Island	Hermana de Nagaddya
Nanziri		.	La esposa de Mukasa
Nabamba		Kirugu, Kyaggwe	Vino de Busoga
Lubanga		Bubiro, Kyaggwe	Vino de Buruli
Ddungu	Juego de la caza	Mabira Forest	Vino de Bunyoro
Namalere	Buena salud	Ssugu, Bukunja	.
Nagawonye	LLuvia, cultivos	Mubanda, Bulemeezi	.
Kawaali	Viruela	Kakooge, Busiro	Hijo del Rey Ssuuna I
Kawagga		Buwagga, Kyaddondo	Hijo del Rey Kateregga
Kawumpuli	Plaga	Buyego, Kyaddondo	Hijo del Rey Kayemba
Nabuzaana	Obstreticia	.	Sus sacerdotisas eran Banyoro

De mayor importancia para la gente común eran los innumerables espíritus menores. Estos fueron en su mayoría los ancestros difuntos (mizimu), pero también incluyeron espíritus que poblaron montañas, ríos y bosques, en su mayoría benévolos, pero algunos se sabe que son cruelmente dañinos si no se mantienen felices (misambwa).

Los rituales destinados a garantizar la buena voluntad de estos espíritus eran parte de la vida cotidiana. Cada hogar contenía un santuario para los antepasados ​​de la familia, generalmente una pequeña canasta a la que se hacían regularmente pequeñas ofrendas de dinero y granos de café. Las grandes empresas, como la construcción de una casa o la limpieza de un terreno, requerían una mayor ofrenda, tal vez un pollo o una cabra. Las oraciones u ofrendas relacionadas con el santuario de una Lubaale generalmente indicaban una necesidad extraordinaria, como el inicio de una campaña militar. Los Muganda orando por ayuda siempre entendieron claramente que la ayuda de los espíritus no era más que una ayuda para el esfuerzo personal, o como lo expresaron los Baganda, «Lubaale mbeera, nga n’embiro kw’otadde» (oren por la liberación del peligro, pero comiencen corriendo también).

Cada pueblo reconoció la presencia de numerosos espíritus locales, generalmente asociados con una parte particular del paisaje local, tal vez un bosque, un arroyo o una pitón. Estos, por regla general, eran espíritus hostiles, y el único deber que se les debía era evitar desagradarlos. Esto podría requerir que se deje una pequeña ofrenda de comida en un lugar particular de vez en cuando, pero en general simplemente significaba mantenerse alejado obedeciendo ciertos tabúes. Los espíritus de madera y corriente, conocidos como Misambwa, se bañaban en ciertos momentos, nadie se aventuraría al pozo a esas horas. Del mismo modo, algunos lugares estaban fuera del alcance de los recolectores de leña. Cuentos espeluznantes sobre el destino que sucedió a los transgresores todavía se cuentan hasta el día de hoy.

Los antiguos Baganda eran así como los seguidores de las principales religiones modernas al honrar a sus dioses y rezar por su ayuda. Sin embargo, diferían en la relación que veían entre los dioses y las reglas que rigen el comportamiento ordinario y la moral. A la pregunta filosófica «¿Está mal el asesinato porque Dios lo prohibió o Dios prohibió el asesinato porque está mal?» el Muganda respondería enfáticamente «el último». La nación tenía un código de conducta elaborado y cuidadosamente observado que rige las relaciones personales y familiares, la limpieza, la artesanía, la guerra y el gobierno, un código que se observó no porque los dioses lo ordenaran sino porque era lo correcto.

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